Šilutės, o tiksliau – Šilokarčemos (vok. Heydekrug), parapija buvo įkurta 1913 metais. Prūsijos evangelikų Bažnyčios konsistorija Karaliaučiuje parapiją suformavo nuo Verdainės parapijos atskyrusi Šilokarčemos, Žibų, Aukštumalų, Barzdūnų, Lapolių, Rupkalvių, Šlažų, Šyšgirių, Traksėdžių, Bismarko kolonijos bei Šilokarčemos dvaro gyventojus.
Naujai bažnyčiai ir klebonijai pastatyti Šilokarčemoje žemę dovanojo dvarininkas Hugo Šojus. Tais pačiais metais padėtas kertinis akmuo bei prasidėjo klebonijos statybos darbai. Klebonija iškilo 1915 metais, o Bažnyčia pastatoma tik 1926 metais.
Naujai įkurtos parapijos klebonu tapo Verdainės parapijos antrasis kunigas Theodoras Eicke (g. 1881 m. Karaliaučiuje). Šilutės parapijoje jis kunigavo beveik 30 metų (iki 1942 metų), kol į jo vietą buvo paskirtas kun. Ernstas Daudertas, dirbęs Šilutėje iki 1944 m.
Po karo, Klaipėdos krašte evangelikų kunigų nebeliko, kadangi dauguma pasitraukė į Vokietiją. Pamaldas laikė bei bažnyčia rūpinosi aktyviausi parapijiečiai, Dievo Žodžio sakytojai. Dėl didelio dvasininkų trūkumo, dalis sakytojų sovietmečiu buvo įšventinti diakonais ir kunigais.
Po karo parapija naujai įregistruoti gali tik 1948 m. rugpjūčio 27 d. 1955 metais sudarytame Šilutės parapijos narių sąraše nuromoma virš 1500 asmenų su jų gevanamos vietos adresais.
1959 m. nemaža dalis vietinių evangelikų emigravo į Vokietiją, o su jais ir kun. M. Klumbys. Parapijos dvasiniu gyvenimu teko rūpintis kunigams iš aplinkinių parapijų.
Šilutės miestui augant, į parapiją įsijungė iš kitų Lietuvos vietovių į Šilutę gyventi ir dirbti atvykę evangelikai. Naujausio surašymo duomenimis šiuo metu beveik 6 % visų Šilutės rajono gyventojų tapatina su evangelikų liuteronų bažnyčia.
Liuteronų parapija ir bažnyčia Šilutėje vis dar išlieka vienu svarbiausių kultūrinio ir religinio gyvenimo centrų.